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雖然 2020 年已經(jīng)過去一個(gè)月了，但是小編依然要為大家搬上 2020 年 12 月的 DNA 甲基化研究成果進(jìn)行分享~

12 月以 DNA methylation 為關(guān)鍵詞檢索到的文獻(xiàn)一共有 623 篇，小編挑出以下 6 篇作為重點(diǎn)分享內(nèi)容。這 6 篇文章主要通過 450K、850K 技術(shù)從 DNA 甲基化層面揭示疾病發(fā)生的分子機(jī)制以及早篩標(biāo)志物的發(fā)現(xiàn)（結(jié)直腸癌、透明細(xì)胞腦膜瘤、創(chuàng)傷后應(yīng)激障礙、膀胱癌和卵巢癌），對(duì)后續(xù)想要做甲基化方向研究的老師，具有很好的參考價(jià)值。小編在文末附表中也列出更多 DNA 甲基化研究的文獻(xiàn)和高分綜述的研究方向、登刊時(shí)間、技術(shù)平臺(tái)和摘要等信息，讓您不用再費(fèi)時(shí)費(fèi)力搜索，就能輕松獲取 12 月新的 DNA 甲基化研究成果和動(dòng)態(tài)，平均 IF>10。

標(biāo)題：在具有突變 KRAS 的結(jié)直腸癌細(xì)胞中，SLC25A22 介導(dǎo)的谷氨酰胺分解通過減少 DNA 脫甲基作用，從而增加 WNT 信號(hào)傳導(dǎo)，干細(xì)胞特性和耐藥性

時(shí)間：2020/12/01 

單位：香港中文大學(xué)李嘉誠健康科學(xué)研究所

期刊：Gastroenterology  17.373

平臺(tái)：850K、CRISPR、LC-MS

摘要：KRAS 突變會(huì)通過調(diào)控三羧酸循環(huán)途徑促進(jìn)谷氨酰胺分解，通過谷氨酰胺酶和 SLC25A22 將谷氨酰胺轉(zhuǎn)化為 α - 酮戊二酸和其他分子。該過程會(huì)抑制細(xì)胞中脫甲基酶功能和改變表觀遺傳狀態(tài)，從而增強(qiáng)細(xì)胞的增殖能力和干細(xì)胞特征。該研究主要是為了了解 KRAS 突變介導(dǎo)的谷氨酰胺分解是否影響大腸癌（CRC）細(xì)胞的表觀基因組狀態(tài)和活性。研究人員通過收集 SLC25A22 腸道特異性敲除小鼠——ApcminKrasG12D（ApcminKrasG12DSLC25A22fl/fl mice）的腸道組織，經(jīng)組織學(xué)、免疫組化和 DNA 甲基化水平進(jìn)行分析，并進(jìn)一步研究來自 2 個(gè)人類結(jié)直腸腫瘤標(biāo)本的類器官的來源和其干細(xì)胞特征。在 KRAS 突變體背景下的結(jié)腸上皮細(xì)胞（1CT）以及 CRC 細(xì)胞（DLD1，DKS8，HKE3 和 HCT116）中，表達(dá)或敲除 SLC25A22 或其他蛋白，并在沒有谷氨酰胺或葡萄糖的條件下，進(jìn)行增殖，群落形成，測(cè)定葡萄糖或谷氨酰胺消耗和細(xì)胞凋亡等表型的測(cè)定；通過 RNA 測(cè)序、免疫印跡、LC-MS（谷氨酰胺示蹤）分別測(cè)定基因、蛋白質(zhì)和代謝產(chǎn)物。同時(shí)，研究人員通過使用 850K 芯片分別測(cè)定敲除或過表達(dá)相關(guān)蛋白的細(xì)胞和類器官 CpG 位點(diǎn)的 DNA 甲基化水平。該團(tuán)隊(duì)檢測(cè)了香港 130 例患者（57 例具有 KRAS 突變）的大腸癌樣本的免疫組化和 Kaplan-Meier（生存期），并對(duì) TCGA 數(shù)據(jù)庫中大腸癌樣本的相關(guān)基因表達(dá)水平進(jìn)行分析。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，在 KRAS 表達(dá)激活的 CRC 細(xì)胞中，SLC25A22 能夠促進(jìn)琥珀酸的積累，DNA 甲基化水平升高，WNT 信號(hào)向 β -catenin 的激活，LGR5 的表達(dá)增加，細(xì)胞增殖和干細(xì)胞特征以及對(duì) 5 - 氟尿嘧啶的抗性。通過阻斷這一通路可能會(huì)被用于 CRC 的治療。

標(biāo)題：透明細(xì)胞腦膜瘤可以通過 SMARCE1 基因的 DNA 甲基化水平與突變類型成功分型時(shí)間：2020/12/14

單位：海德堡大學(xué)

期刊：Acta Neuropathol  14.251

平臺(tái)：450K、850K、DNA 測(cè)序、RNA 測(cè)序

背景：透明細(xì)胞腦膜瘤是一種罕見的腦膜瘤變體，通常會(huì)影響兒童和年輕人。盡管已有報(bào)道稱該亞型的 SMARCE1 基因中存在大量的功能缺失突變，但還缺乏全面的分子研究來證實(shí)。研究人員通過 WGBS 篩選了 3093 個(gè)腦膜瘤隊(duì)列，其中大多數(shù)在組織學(xué)上被診斷為透明細(xì)胞腦膜瘤，并確定一個(gè)腫瘤亞群（n = 31）。該隊(duì)列進(jìn)一步補(bǔ)充了另外 11 種經(jīng)組織學(xué)診斷出的透明細(xì)胞腦膜瘤進(jìn)行分析（n = 42）。靶向 DNA 測(cè)序揭示了 33/34 個(gè)分析樣品中存在 SMARCE1 突變，通過免疫組織化學(xué)確定的核表達(dá)缺失和腫瘤細(xì)胞中 SMARCE1 轉(zhuǎn)錄表達(dá)的降低。對(duì)透明細(xì)胞腦膜瘤組（n = 14）患者與 WHO 2 級(jí)腦膜瘤（n = 220）患者的進(jìn)展或復(fù)發(fā)時(shí)間進(jìn)行分析，兩者結(jié)果相似。作者的發(fā)現(xiàn)表明透明質(zhì)膜腦膜瘤存在高度不同的表觀遺傳學(xué)特征，與其他所有腦膜瘤變體不同的是 SMARCE1 基因具有反復(fù)突變。表明這些腫瘤可能源自與其他腦膜瘤亞型的不同的前體細(xì)胞群。

標(biāo)題：退伍軍人和現(xiàn)役男性中創(chuàng)傷后應(yīng)激障礙的表觀遺傳型

時(shí)間：2020/12/18

單位：沃爾特·里德陸軍研究所

期刊：Mol Psychiatry  12.384 

平臺(tái)：450K

背景：創(chuàng)傷后應(yīng)激障礙（PTSD）是一種異質(zhì)性疾病，目前缺乏適用于所有符合該疾病標(biāo)準(zhǔn)人的客觀生理指標(biāo)以及對(duì)治療的不同反應(yīng)。這項(xiàng)研究發(fā)現(xiàn)集納入了 83 名患有 PTSD 的男性戰(zhàn)斗退伍軍人和 83 名沒有 PTSD 的戰(zhàn)斗退伍軍人，利用 450K 檢測(cè)其甲基化水平。DNA 甲基化（DNAm）分布圖的計(jì)算分析確定了 PTSD + 組中的兩種 PTSD 亞型——G1 和 G2，這兩種亞型與 PTSD 和 PTSD 合并癥相關(guān)的 34 種臨床特征有關(guān)。G2 亞型與 G1 亞型和健康對(duì)照組相比，G2 亞型與 PTSD 風(fēng)險(xiǎn)增加相關(guān)，并且多基因風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分更高且甲基化水平增加。接著，研究人員對(duì)同一個(gè)體進(jìn)行了為期 3 年的隨訪（N = 59）并在兩個(gè)獨(dú)立的資深隊(duì)列（N = 54 和 N  = 38）和現(xiàn)役隊(duì)列（N = 133）中進(jìn)行進(jìn)一步驗(yàn)證。在某些情況下，例如多巴胺 -PKA-CREB 和 GABA-PKC-CREB 信號(hào)通路，G2 亞型中兩條通路的失調(diào)情況相反，表明該亞型的功能不只是與癥狀嚴(yán)重程度相關(guān)，也可能代表不同的生物風(fēng)險(xiǎn)輪廓支撐 PTSD。鑒別兩種新的不同的 PTSD 表觀遺傳生物類型可能對(duì)了解 PTSD 的生物學(xué)和臨床異質(zhì)性、在非臨床醫(yī)生管理的環(huán)境下現(xiàn)役軍人的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估和改進(jìn) PTSD 診斷標(biāo)志物具有潛在的應(yīng)用價(jià)值。

標(biāo)題：尿液 DNA 甲基化測(cè)定可對(duì)膀胱癌進(jìn)行早期檢測(cè)和復(fù)發(fā)監(jiān)測(cè)

時(shí)間：2020/12

單位：中山大學(xué)

期刊：J Clin Invest  11.864 

平臺(tái)：450K、靶向甲基化測(cè)序

背景：當(dāng)前用于檢測(cè)和監(jiān)視膀胱癌（BCa）的方法通常是侵入性的或具有次優(yōu)的敏感性和特異性，尤其是在早期腫瘤較小和殘留腫瘤中。作者開發(fā)了一種有效的方法，稱為 utMeMA，用于檢測(cè)膀胱癌 MassARRAY 在多個(gè)基因組區(qū)域?qū)δ蛞耗[瘤 DNA 甲基化。作者通過對(duì)中山紀(jì)念醫(yī)院（SYSMH），癌癥基因組圖譜（TCGA）和基因表達(dá)綜合（GEO）數(shù)據(jù)庫的隊(duì)列進(jìn)行綜合分析，確定了 BCa 特異性甲基化標(biāo)記。在回顧性隊(duì)列中（n = 313）建立 BCa 診斷模型，并在多中心，前瞻性隊(duì)列（n = 175）中進(jìn)行了驗(yàn)證。分析了該模型診斷測(cè)定的性能，并將其與尿液細(xì)胞學(xué)和 FISH 進(jìn)行了比較。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，作者在聯(lián)合分析中找到了 BCa 的 26 個(gè)重要的甲基化標(biāo)記。并用其中的 2 個(gè)標(biāo)記建立診斷模型并進(jìn)一步驗(yàn)證，該模型能夠以較高的準(zhǔn)確度（86.7%），敏感性（90.0%）和特異性（83.1%）區(qū)分 BCA 患者。此外，基于 utMeMA 的檢測(cè)相對(duì)于尿液細(xì)胞學(xué)和 FISH 的靈敏度有了很大提高。該研究提供的尿液中的腫瘤 DNA 甲基化評(píng)估可快速、高通量、無創(chuàng)地診斷尿液中的腫瘤 DNA 甲基化，從而對(duì) BCa 進(jìn)行早期診斷，檢測(cè)和監(jiān)測(cè)小限度的殘留腫瘤。

標(biāo)題：右 vs 左結(jié)腸的表觀遺傳老化中的種族差異

時(shí)間：2020/12/30

單位：弗吉尼亞大學(xué)

期刊：J Natl Cancer Inst  11.557 

平臺(tái)：850K

摘要：結(jié)直腸癌的發(fā)病年齡和偏側(cè)性存在種族差異。假定表觀遺傳的年齡加速是一個(gè)潛在因素，然而，缺乏對(duì)側(cè)面特異性結(jié)腸組織表觀遺傳衰老的比較研究。在這里，作者對(duì)來自 128 個(gè)個(gè)體的正常結(jié)腸左，右活檢組織進(jìn)行了 DNA 甲基化分析。在非裔美國人（n = 88）中，與個(gè)體匹配的左結(jié)腸相比，右結(jié)腸顯示出加速的表觀遺傳衰老。相反，在歐洲裔美國人（n = 40）中，右結(jié)腸顯示出明顯的年齡減慢。進(jìn)一步研究表明，DNA 甲基化的表觀基因組范圍分析確定了非裔美國人右結(jié)腸超甲基化的獨(dú)特模式。作者的研究初次報(bào)道了正常結(jié)腸表觀遺傳衰老的種族和側(cè)方特異性差異，為觀察到的更年輕的發(fā)病年齡和非裔美國人右側(cè)結(jié)腸瘤變的相對(duì)優(yōu)勢(shì)提供了新的見解。

標(biāo)題：卵巢癌前體病變的甲基化景觀

時(shí)間：2020/12

單位：霍普金斯大學(xué)

期刊：Clin Cancer Res  10.107

平臺(tái)：850K

摘要：目前在發(fā)展高級(jí)別漿液性卵巢癌（HGSC）的范例中，大多數(shù) HGSC 源自輸卵管的前漿液性輸卵管上皮內(nèi)癌（STIC）病變。這篇文章作者使用 850K 比較了 12 個(gè) STIC 與配對(duì)的正常上皮組織，并利用無監(jiān)督的層次聚類和多維分析對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。結(jié)果鑒定出高可信度 STIC 特異性差異高甲基化區(qū)域，并將其與來自 23 個(gè) HGSC 腫瘤和 11 個(gè)健康輸卵管粘膜的 850K 數(shù)據(jù)進(jìn)行了比較。無監(jiān)督的分析表明，STICs 在很大程度上與 HGSCs 聚集在一起，但與正常的輸卵管上皮明顯不同。42 個(gè)甲基化區(qū)域顯示出高可信度的 STIC 特異性，其中有 17 個(gè)甲基化區(qū)域可以與 HGSC 特異性差異甲基化區(qū)域重合，且在交集中的甲基化位點(diǎn)能夠?qū)?STIC 和 HGSC 樣品與正常樣品完全區(qū)分開。該項(xiàng)研究表明，大多數(shù) STIC 在表觀遺傳上與 HGSC 相似，并且共有差異性高甲基化區(qū)域，因此有必要進(jìn)一步評(píng)估其作為早期檢測(cè)卵巢 HGSC 的生物標(biāo)記物的潛力。

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文末列出了小編整理出的完整文獻(xiàn)列表，如果您對(duì)其中一些文獻(xiàn)更感興趣，就請(qǐng)聯(lián)系我們，獲得完整的文章吧?。ú郎镂⑿奴@?。?7702139967）

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