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伯豪生物
Agilent 甲基化捕獲測(cè)序(MC-seq)
 電子資料  調(diào)研問(wèn)卷

技術(shù)簡(jiǎn)介

SureSelectXT 甲基化靶向序列捕獲平臺(tái)(Methyl-Seq) 是安捷倫公司推出的甲基化發(fā)現(xiàn)系統(tǒng)。該平臺(tái)為甲基化基因組區(qū)域研究提供了具有單堿基分辨率的高度可靠的方法。現(xiàn)有目錄化產(chǎn)品包括人、小鼠和大鼠甲基化測(cè)序設(shè)計(jì)。該產(chǎn)品相比常見(jiàn)的甲基化檢測(cè)平臺(tái)具有獨(dú)到的優(yōu)勢(shì)。

通過(guò)檢測(cè)單獨(dú)的 CpG 可獨(dú)具特色地提供比甲基化芯片更多的信息,相比全基因組重亞硫酸鹽測(cè)序,可提高通量并降低成本。可發(fā)現(xiàn)限制性?xún)?nèi)切酶及免疫沉淀所不能檢測(cè)的甲基化區(qū)域。

技術(shù)原理

甲基化捕獲測(cè)序技術(shù)原理

應(yīng)用領(lǐng)域

廣泛應(yīng)用于大小鼠的藥物模型,干細(xì)胞研究、腫瘤和其他復(fù)雜疾病研究,特別適用于大小鼠物種的全表觀基因組的標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)和機(jī)制探尋。

伯豪優(yōu)勢(shì)

作為 Agilent 公司的認(rèn)證服務(wù)商,伯豪采用穩(wěn)定的 SureSelect 捕獲系統(tǒng)進(jìn)行甲基化捕獲;

具有豐富的表觀功能機(jī)制和生物標(biāo)志物篩選研究經(jīng)驗(yàn),幫助客戶(hù)發(fā)表多篇高分文章;

專(zhuān)業(yè)報(bào)告解讀系統(tǒng),對(duì)科研應(yīng)用支持良好。

樣本要求

樣品類(lèi)型:人、小鼠和大鼠;

樣品純度:OD 260/280 值應(yīng)在 1.8~2.0 之間;RNA 應(yīng)去除干凈;

樣品濃度:使用 Qubit 準(zhǔn)確定量 DNA 濃度;

樣品總量:每個(gè)樣品 DNA 起始總量不少于 1ug。

分析流程

甲基化捕獲測(cè)序數(shù)據(jù)分析例圖 1

甲基化捕獲測(cè)序數(shù)據(jù)分析例圖 2

案例展示

案例:《Nature》主刊報(bào)道胚胎模型的甲基化研究

研究背景

2i 是 Mek1/2 和 Gsk3β 的抑制劑,L 是白血病抑制因子,S/L 是血清和白血病抑制因子,2i/L 的短期處理可以將小鼠胚胎干細(xì)胞(ES)誘導(dǎo)為與著床前胚胎內(nèi)細(xì)胞團(tuán)(ICM)相似的狀態(tài)。同時(shí)延長(zhǎng) 2i/L 處理時(shí)間,可導(dǎo)致小鼠 ES 細(xì)胞中一系列不可逆的表觀遺傳和基因組變化,并損害其發(fā)育潛力,而這一影響是由長(zhǎng)時(shí)間抑制 Mek1/2 引發(fā)的。

研究思路

《Nature》主刊報(bào)道胚胎模型的甲基化研究

研究成果

結(jié)果表明,2i/L ES 細(xì)胞的衍生可導(dǎo)致 DNA 甲基化的廣泛降低,包括配子來(lái)源的甲基化。這些胚胎干細(xì)胞在胚胎和胎盤(pán)發(fā)育過(guò)程中表現(xiàn)出損傷,說(shuō)明了 2i/ L 建立的胚胎干細(xì)胞在多能干細(xì)胞質(zhì)量方面的局限性。作者的發(fā)現(xiàn)對(duì)于理解人類(lèi)幼稚型多能干細(xì)胞在治療應(yīng)用和疾病建模方面的具有重要意義,因?yàn)樵谶@些細(xì)胞中往往丟失印記和卵母細(xì)胞來(lái)源的甲基化記憶。作者還發(fā)現(xiàn),早期傳代的雌性 a2i/L ES 細(xì)胞和 t2i/L ES 細(xì)胞保留了配子來(lái)源的 DNA 甲基化和自主發(fā)育潛能。作者認(rèn)為這些胚胎干細(xì)胞可以作為另一種細(xì)胞培養(yǎng)平臺(tái),用于早期胚胎發(fā)生的生物學(xué)研究。

參考文獻(xiàn)

Yagi M, Kishigami S, Tanaka A, et al. Derivation of ground-state female ES cells maintaining gamete-derived DNA methylation[J].Nature, 2017, 548(7666): 224.

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