單細胞轉錄組測序（Single-cell RNA-sequencing）是指在單細胞水平上對 RNA 進行高通量測序和分析的新技術。不同于常規 Bulk Sequencing（組織或細胞群測序）得到的結果只是大量細胞的平均表達水平，單細胞測序能夠深入挖掘細胞特異性的信息。目前，單細胞測序已廣泛應用于腫瘤異質性、免疫微環境、神經科學、胚胎發育、細胞分化等領域的研究。

伯豪特色

6 年的單細胞服務經驗，協助客戶在 Cell Research、Nature Neuroscience 等雜志上發表文章。

擁有三大單細胞測序服務平臺，包括低通量的 SMART-seq，以及高通量的 10X genomics 和 BD Rhapsody 的單細胞 RNA 測序服務平臺。

自主研發的單細胞組織保護液，保證了新鮮組織樣本的低溫存儲和運輸。

累計成功完成 30 余種組織類型的單細胞懸液制備（包括人外周血液細胞，臨床組織及大小鼠組織或器官）。針對單細胞懸液制備過程中遇到的主要問題，如死細胞比例高、活性達不到上機要求；細胞形態異常；細胞消化不完全、聚集成團、碎片偏多、紅細胞比例偏高等，公司單細胞測序團隊通過已經積累的經驗，為客戶提供合理化的建議，提高單細胞測序的成功率。

完善的數據處理方法，及個性化的分析方法。

技術參數

SMART-seq

建庫起始量：1~100 cells；

測序模式：Illumina HiSeq PE150；

推薦數據量：>=6 Gb/ 樣本。

10X genomics & BD Rhapsody

總量 > 105  目標細胞個數（底限 10,000 個細胞）；

濃度 500-1,000 個 /uL；

細胞間無粘連（成團率 <5%）；

無大于 40um 的細胞碎片或其他顆粒物；

細胞成活率應大于 80%（臺盼藍染色檢測）；

不存在逆轉錄抑制劑和非細胞的核酸分子。

服務流程

數據分析

包括數據預處理，基礎分析，高級分析和個性化分析，部分分析結果展示如下：

案例解析
案例展示
案例一（神經生物學，使用技術 SMART-seq）

伯豪生物助力中國科學院上海生命科學研究院神經科學研究所張旭院士研究組，通過高覆蓋度的單細胞測序和以神經元大小為參考的層次聚類，對小鼠背根神經節初級感覺神經元進行了分類，又通過全細胞膜片鉗在體記錄結合單細胞 PCR 方法可檢測各類初級感覺神經元對外周皮膚刺激的反應。該工作通過高覆蓋的單細胞測序對初級感覺神經元進行了重新分類，并且建立了基因表達與在體內功能的相互關系。該成果已經發表在了 2015 年 12 月的國際知名期刊 Cell Reasarch（影響因子 11.981）上。該研究中單細胞測序及數據分析服務由上海伯豪生物技術有限公司提供。

原文出處：Li CL, Li KC, Wu D, et al. Somatosensory neuron types identified by high-coverage single-cell RNA-sequencing and functional heterogeneity. Cell Res. 2015, 26(1):83-102.

案例二（疾病不同進程的細胞組成差異，10X genomics）

腸型胃癌以癌前病變為主，包括慢性萎縮性胃炎和腸上皮化生。在這項研究中，作者構建了一個單細胞圖譜，包含了 32,332 個來自胃竇粘膜活檢的高質量細胞。然后，作者構建了一個基于細胞和分子特征的單細胞網絡。研究發現在上皮化生過程中，腺體黏液細胞趨向于獲得腸樣干細胞表型，作者將 OR51E1 作為早期惡性病變中獨特內分泌細胞的標記。作者還發現，HES6 可能標記杯前細胞簇，可能有助于早期化生的鑒定。作者確定了一組 EGC 特異性標記，對 EGC 的準確診斷具有臨床意義。作者的研究提供了無與倫比的見解，以了解人類胃細胞組在癌前和早期惡性病變。

原文出處：Zhang P, Yang M, Zhang Y, et al. Dissecting the Single-Cell Transcriptome Network Underlying Gastric Premalignant Lesions and Early Gastric Cancer. Cell reports, 2019, 27(6): 1934-1947. e5.

應用方向

腫瘤異質

Kim C, Gao R, Sei E, et al. Chemoresistance Evolution in Triple-Negative  Breast Cancer Delineated by Single-Cell Sequencing. Cell 2018, 173(4):879-893.

腫瘤免疫微環境

Zheng C, Zheng L, Yoo JK, et al. Landscape of Infiltrating T Cells in Liver Cancer Revealed by Single-Cell Sequencing. Cell 2017, 169(7):1342-1356. 神經科學

Li CL, Li KC, Wu D, et al. Somatosensory neuron types identified by high-coverage single-cell RNA-sequencing and functional heterogeneity. Cell Res 2015, 26(1):83-102.

胚胎發育

Li L, Dong J, Yan L, et al. Single-Cell RNA-Seq Analysis Maps Development of Human Germline Cells and Gonadal Niche Interactions. Cell Stem Cell 2017, 20(6):858-873

細胞分化

Bach K, Pensa S, Grzelak M, et al. Differentiation dynamics of mammary epithelial cells revealed by single-cell RNA sequencing. Nat Commun 2017, 8(1):2128.

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