Figure1 樣本的 cellranger 網頁質控結果展示（頂部部分）

說明：綠色文本表示關鍵指標在預期范圍內，而紅色 / 黃色文本表示錯誤 / 警告。一些指標的解釋可以通過點擊？獲得。summary 選項卡報告各種指標，包括樣本信息、測序數據、細胞、細胞聚類、插入大小以及文庫復雜性。

網頁結果中更多更詳細的表頭注釋見附件 1

Figure2 barcode 排序圖

說明：左側是理想的結果，曲線呈急劇下降表明細胞相關的 barcode 與非細胞相關的 barcode 分離良好，右側是不理想的結果，曲線呈圓曲線和缺乏陡峭的下降可能表明樣品質量低或單細胞行為的損失。

Figure3 barcode 中 fragment 數量分布圖

說明：非細胞組和細胞組中每個 barcode 的 fragment 數量分布圖。左側是理想的結果，細胞和非細胞之間明顯被分開。右側細胞和非細胞存在明顯的重疊，說明樣本質量可能存在問題。

Figure4 插入片段大小分布圖

說明：橫坐標代表插入片段的長度，縱坐標代表插入片段的長度對應的 fragment 數量。左側圖中轉座酶跨越核小體的片段長度，一圈為約為 150bp 數量（nucleosome free、單核小體和二核小體片段）。插入長度 <200 bp 的片段中鋸齒狀對應 DNA 的螺旋距（~10.5 bp)。右側圖中曲線沒有呈現對應的周期峰值分布，可能意味著由于樣品質量低而導致染色質結構的損失。

Figure5 TSS 附近的峰圖分布

說明：橫坐標代表轉錄起始位點上下游 1Kb 的位置信息，縱坐標代表標準化后的信號值。左側是理想的結果，在 TSS 周圍有大量的富集，已知這些區域比側邊區域的染色質開放程度更高。右側是不理想的結果，TSS 位點附近的低富集（<5%) 可能表明不適當的裂解或染色質結構的丟失。

Figure6 Single Cell Targeting Plot

說明：橫坐標代表每個 barcode 的 fragments，縱坐標代表與 peak 重疊的 fragments 占總 fragments 比例。左側圖片，與細胞相關的每個 barcode 應該有有大量的片段，并且片段在 peaks 上的比例很高（藍色，右上角）。差的樣本：非細胞相關的每個 barcode 有少量的片段，并且片段重疊峰值的百分比較低（紅色，左下角）。一個理想的樣品應該在細胞和非細胞的兩端有良好的分離

Figure7 單細胞聚類散點圖

說明：圖中每個點代表 1 個細胞，結果中分別通過 cluster 和 depth 進行繪圖。左側圖片顯示不同顏色的代表不同的 cluster，區分度良好。