標(biāo)題：Epigenomic analysis of Parkinson's disease neurons identifies Tet2 loss as neuroprotective

帕金森病變神經(jīng)元的表觀基因組學(xué)分析發(fā)現(xiàn) Tet2 缺失具有神經(jīng)保護(hù)作用

摘要：

帕金森（PD）的發(fā)病機(jī)制可能涉及某些修飾神經(jīng)元功能的增強(qiáng)子的表觀遺傳調(diào)控。在這里，作者全面檢查了 PD 患者和對(duì)照組個(gè)體神經(jīng)元中全基因組增強(qiáng)子的 DNA 甲基化。作者發(fā)現(xiàn)在 PD 神經(jīng)元的增強(qiáng)子上廣泛存在胞嘧啶修飾，部分原因是由于羥甲基化水平升高。其中，TET2 是體內(nèi)發(fā)生胞嘧啶修飾的主要調(diào)節(jié)因子，PD 患者存在 TET2 的表觀修飾和轉(zhuǎn)錄上調(diào)。而神經(jīng)元細(xì)胞模型中的 TET2 缺失能夠?qū)е掳奏ば揎椀母淖儯c PD 神經(jīng)元中觀察到的結(jié)果相反。此外，小鼠中的 Tet2 失活可完全抑制由先前炎癥引起的黑色素多巴胺能神經(jīng)元丟失。同時(shí)，Tet2 缺失也減弱了對(duì)炎癥觸發(fā)的轉(zhuǎn)錄免疫反應(yīng)。因此，PD 神經(jīng)元中廣泛失調(diào)的增強(qiáng)子的表觀修飾可能有部分是由 TET2 表達(dá)上調(diào)介導(dǎo)的。Tet2 活性的降低在體內(nèi)具有神經(jīng)保護(hù)作用，并且可能是 PD 的新治療靶標(biāo)。

標(biāo)題：Transcription and DNA Methylation patterns of blood derived CD8 + T cells are associated with age and Inflammatory Bowel Disease but do not predict prognosis

血液中 CD8 + T 細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄和 DNA 甲基化模式與患者年齡和炎癥性腸病有關(guān)

摘要：

據(jù)報(bào)道，CD8 + T 細(xì)胞的基因表達(dá)模式與炎癥性腸病（IBD）成年患者的臨床結(jié)局相關(guān)。作者從 112 例新診斷為 IBD 的兒童（71 例患有克羅恩病，41 例患有潰瘍性結(jié)腸炎）和 19 例無 IBD 的兒童（對(duì)照組）中獲取了外周血樣本，并記錄了疾病活動(dòng)和預(yù)后的醫(yī)學(xué)信息。作者通過磁珠分選從血液樣本中分離出 CD8 + T 細(xì)胞，使用 Affymetrix 和 850K 芯片分別檢測(cè)全基因組轉(zhuǎn)錄（n = 192）和 DNA 甲基化（n = 66）數(shù)據(jù)，并整合了三組 IBD 成年患者和對(duì)照人群 CD8 + T 細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組和 DNA 甲基化組公開數(shù)據(jù)。先前的報(bào)道發(fā)現(xiàn)，僅在 zuì 初的成人 IBD 隊(duì)列中存在 CD8 + T 細(xì)胞的預(yù)后表達(dá)和疲憊特征，然而在兒童或第二個(gè)成人 IBD 隊(duì)列中都無法檢測(cè)到這些特征。此外，在三個(gè)隊(duì)列中都能檢測(cè)到 CD8 + T 細(xì)胞基因表達(dá)與年齡和性別之間存在關(guān)聯(lián)。在包括非 IBD 對(duì)照的兩個(gè)隊(duì)列中，CD8 + 基因轉(zhuǎn)錄與 IBD 顯著相關(guān)。作者發(fā)現(xiàn)，患有克羅恩氏病的兒童的 CD8 + T 細(xì)胞的 DNA 甲基化特征與年齡相關(guān)，但與臨床結(jié)局無關(guān)。作者的研究為 IBD 患者開發(fā)預(yù)后生物標(biāo)志物提供了方向。

標(biāo)題：Analysis of Ugandan cervical carcinomas identifies human papillomavirus clade-specific epigenome and transcriptome landscapes

烏干達(dá)地區(qū)子宮頸癌的分析確定了人類乳頭瘤病毒進(jìn)化枝特異性的表觀基因組和轉(zhuǎn)錄組圖譜

摘要：

宮頸癌是影響撒哈拉以南非洲婦女的常見癌癥，在 HIV 陽性（HIV +）個(gè)體中普遍存在。迄今為止，尚未對(duì)該人群進(jìn)行癌癥基因組，轉(zhuǎn)錄組或表觀基因組的全面分析。作者鑒定了來自烏干達(dá)地區(qū) 118 例患者的腫瘤，其中 72 例為 HIV +，并對(duì)另外 89 例腫瘤進(jìn)行了突變分析。作者檢測(cè)到人類乳頭瘤病毒（HPV）進(jìn)化枝特異性腫瘤的 DNA 甲基化，啟動(dòng)子和增強(qiáng)子相關(guān)的組蛋白標(biāo)記以及基因表達(dá)和通路失調(diào)。HPV 整合后發(fā)生的組蛋白修飾的變化與臨近基因和內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒的上調(diào)有關(guān)。

標(biāo)題：The methylomic landscape of fallopian tube lesions associated with ovarian high-grade serous carcinoma

與卵巢高級(jí)漿液性癌相關(guān)的輸卵管病變的甲基化圖譜

摘要：

目前在高級(jí)別漿液性卵巢癌（HGSC）的患者中，大多數(shù) HGSC 源自輸卵管的前體漿液性輸卵管上皮內(nèi)癌（STIC）病變。作者調(diào)查了 HGSC 前體病變中的全基因組甲基化，以鑒定表現(xiàn)出高特異性的差異性高甲基化的基因組區(qū)域，作為治愈性干預(yù)可能存在的 STIC 和 HGSC 的生物標(biāo)記。作者首先確定了質(zhì)量控制標(biāo)準(zhǔn)，以便使用 850K 芯片對(duì)輸卵管前體病變組織進(jìn)行甲基組學(xué)分析。然后，作者使用該平臺(tái)比較了 12 個(gè) STIC 與配對(duì)的正常上皮，一個(gè) p53 標(biāo)記性病變和 2 個(gè)同時(shí)發(fā)生的 HGSC 樣本之間的全基因組甲基化。通過無監(jiān)督的層次聚類和多維分析來分析所得的甲基化數(shù)據(jù)。使用選擇性生物信息學(xué)標(biāo)準(zhǔn)鑒定了高可信度 STIC 特異性的差異性高甲基化區(qū)域，并將其與來自 23 種 HGSC 腫瘤和 11 種健康輸卵管粘膜的甲基化 EPIC 數(shù)據(jù)進(jìn)行了比較。無監(jiān)督的分析表明，STICs 與 HGSCs 大量聚集，但與正常的輸卵管上皮明顯不同。42 個(gè)基因組區(qū)域顯示出高可信度的 STIC 特異性差異甲基化，其中 17 個(gè)（40.5%）與 HGSC 特異性差異甲基化區(qū)域直接重疊。在相同位點(diǎn)處的甲基化能夠?qū)?STIC 和 HGSC 樣品與正常和相鄰正常樣品完全區(qū)分開。結(jié)果表明，大多數(shù) STIC 在表觀遺傳學(xué)上與 HGSC 相似，并且具有相同的差異性高甲基化區(qū)域，因此有必要進(jìn)一步評(píng)估其是否可以用作早期檢測(cè)卵巢 HGSC 的生物標(biāo)記物。

標(biāo)題：Regulation of Leaf Longevity by DML3-Mediated DNA Demethylation  

DML3 介導(dǎo)的 DNA 去甲基化對(duì)葉片壽命的調(diào)節(jié)

摘要：

葉片衰老是由衰老相關(guān)基因（SAG）的表達(dá)驅(qū)動(dòng)的。發(fā)育特異性基因通常在其啟動(dòng)子和其他區(qū)域發(fā)生 DNA 去甲基化作用，從而調(diào)節(jié)基因表達(dá)。DNA 去甲基化是否以及如何調(diào)節(jié) SAGs 的表達(dá)，從而調(diào)節(jié)葉片的衰老的機(jī)制仍然不清楚。對(duì)野生型（WT）和 demeter-like 3（dml3）擬南芥葉片在三個(gè)發(fā)育階段的全基因組亞硫酸氫鹽測(cè)序（WGBS）分析顯示，與 WT 相比，dml3 葉片衰老過程中的甲基化程度高，并且有 20556 個(gè)差異甲基化區(qū)域（DMRs）。此外，作者確定了 335 個(gè) DMR 相關(guān)基因（DMG）（例如 NAC016 和 SEN1）在葉片衰老過程中被上調(diào)，并發(fā)現(xiàn) WT 中 DNA 甲基化水平（特別是在啟動(dòng)子區(qū)域）與相關(guān) SAG 的轉(zhuǎn)錄本豐度呈負(fù)相關(guān)。相反，在 dml3 中，SAG 的啟動(dòng)子被高度甲基化，其轉(zhuǎn)錄水平顯著降低，并且葉片衰老被顯著延遲。作者的研究揭示了一種新的表觀遺傳調(diào)控機(jī)制，該機(jī)制涉及葉片衰老，其中 DML3 在衰老開始時(shí)和衰老過程中表達(dá)，通過使啟動(dòng)子，基因體或 3'UTR 區(qū)去甲基化以激活 SAG 的表達(dá)，使葉片衰老明顯延遲。

標(biāo)題：Arabidopsis shoot stem cells display dynamic transcription and DNA methylation patterns 

擬南芥干細(xì)胞的動(dòng)態(tài)轉(zhuǎn)錄和 DNA 甲基化模式

摘要：

在植物中，氣生器官起源于莖尖分生組織中心的干細(xì)胞。下表皮干細(xì)胞的后代是生殖細(xì)胞的祖細(xì)胞，產(chǎn)生雄配子和雌配子。在這些細(xì)胞中，必須避免突變，包括轉(zhuǎn)座因子或病毒的插入，以保持世代間的基因組完整性。為了研究擬南芥中干細(xì)胞的分子特性，作者分離了它們的細(xì)胞核，并分析了不同年齡植物中階段特異性基因表達(dá)和 DNA 甲基化。干細(xì)胞表達(dá)特征在很大程度上取決于發(fā)育階段，但包括一組核心的干細(xì)胞特異性基因，其中包括與表觀遺傳沉默有關(guān)的基因。在開花轉(zhuǎn)變之前，分生組織中轉(zhuǎn)座因子的瞬時(shí)增加與發(fā)育過程中 CHG 甲基化增加和干細(xì)胞進(jìn)入生殖譜系之前的 CHH 甲基化降低有關(guān)。這些結(jié)果表明表觀遺傳重編程可能在該譜系的早期發(fā)生，并可能在種系發(fā)育過程中對(duì)干細(xì)胞的基因組保護(hù)做出貢獻(xiàn)。