在有限的細胞核空間中，基因組的大部分是緊密折疊的，僅留下需要轉錄的部分是開放的。打開的染色質，就允許一些調控蛋白（比如轉錄因子和輔因子）跑過來與之相結合。而染色質的這種特性，就叫做染色質的可及性（chromatin accessibility）。ATAC-seq 是利用高通量測序檢測轉座酶易接近的染色質的技術。ATAC-seq 只需要很少的細胞就能鑒定基因組中所有活躍的調控序列。
應用方向
1、腫瘤研究；
2、胚胎發育；
3、免疫系統疾病。
案例分享 [1]
研究思路
研究結果
綜上所述，作者發現 IHs 的核染色質比正常組織的核染色質更開放，這證實了 IHs 的新血管化和腫瘤特征，以及表觀遺傳學在 IHs 中確實發揮了作用。共鑒定到 252 個基因，分別為 SPDEF、REVERB、TBX20、EBF1、SOX4、GATA:SCL 和 SOX6。認為 TFs SPDEF 和 SOX4 可能參與了 IHs 的發病機制。SPDEF 可能通過 EPHA5、zbtb46 和 SASH1 起作用，而不是引起差異表達；SOX4 可能通過 MMP12 和 HIVEP3 發揮作用。在增殖中期和晚期，不受調控的 EPHA5、ZBTB46 或 SASH1 發揮抑制作用，而 mmp12 或 HIVEP3 的促進作用被下調。研究結果提高了對 IHs 的認識。
案例分享 [2]
研究思路
研究結論
文章使用高靈敏度的 ATAC-seq 分析人 α 細胞和 β 細胞中的開放染色質，高精度定位潛在的 α 細胞和 β 細胞特異性基因的調控區域。與人 α 細胞和 β 細胞轉錄組的整合發現了這兩種細胞類型的特征基因。對 ATAC-seq 所定義的開放染色質區域與一些糖尿病風險 snp 位點有重疊，以及對可能在 α 和 β 細胞中發揮重要作用的新轉錄因子有富集。本研究為未來的研究提供了一個重要的數據集和多種新的研究途徑。
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ATAT-seq 技術服務—伯豪提供
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