作為非編碼 RNA 研究領域的三大明星分子
lncRNA、circRNA、miRNA
lncRNA 的研究熱度一直持續(xù)升溫
lncRNA 數量龐大，類型多樣，作用模式豐富。那么我們一般都是如何進行疾病相關的 lncRNA 分析的呢？常規(guī)的分析一般都是從 lncRNA 的作用模式著手。
lncRNA 的作用模式主要分為三大類：
- lncRNA 通過 cis 或 trans 靶基因行使一定的功能；
- lncRNA 通過與蛋白質結合行使功能；
- lncRNA 通過 ceRNA 調控機制行使功能。
目前疾病相關的 lncRNA 研究中 ceRNA 調控機制研究必是 No 1。那么既然大家都選擇從 ceRNA 調控機制研究，勢必會出現扎堆研究現象，這種套路研究相對簡單，但是難以避免的發(fā)不了太高分的文章，那么對于這種情況我們該這么解決呢？下面的這篇文章很好的展示了 2020 年如何在套路研究的基礎上發(fā)高分文章。
該文章是 2020 年 1 月南京醫(yī)科大學附屬第一醫(yī)院的研究團隊發(fā)表在 Molecular Cancer（IF=10.68）雜志上的，文章標題為“TEAD4 modulated LncRNA MNX1-AS1 contributes to gastric cancer progression partly through suppressing BTG2 and activating BCL2”。文章研究發(fā)現受轉錄因子 TEAD4 表達調控的 lncRNA MNX1-AS1 可以通過抑制靶基因 BTG2 的表達來參與調控胃癌進展，同時 MNX1-AS1 可以通過 ceRNA 調控機制激活 BCL2 的表達來參與調控胃癌進展。區(qū)別于常規(guī)的在一篇文章里只進行一種 lncRNA 作用模式研究，該文同時進行了兩種，而且數據分析透徹，實驗內容充足，小伙伴們可以學習起來哦。
研究背景：
胃癌（Gastric cancer, GC) 是癌癥相關死亡的第三大病種，也是全球第五大常被診斷的癌癥。由于缺乏敏感和特異性的生物標志物，大多數患者在胃癌晚期才被確診。因此，迫切需要進一步研究胃癌的發(fā)病機制，識別與胃癌相關的有效生物標志物。
長鏈非編碼 RNA (long non-coding RNA, lncRNA) 是長度大于 200 個核苷酸的轉錄本。有研究報道，lncRNA 通過參與調控細胞凋亡、細胞分化和轉移等多種生物學活動，從而影響癌癥的進展。此外，lncRNA 通過與細胞分子如蛋白質、RNA、DNA 等的相互作用，調控關鍵基因的異位表達。因此，將 lncRNA 作為胃癌發(fā)生相關的潛在分子進行研究，未嘗不是一個很好的選擇。lncRNA MNX1-AS1（又稱為 CCAT5）初被認為是在結直腸癌（CRC) 中高表達的基因。有研究報道稱 CCAT5 通過與 STAT3 相互作用促進 CRC 的進展。另一研究報道稱，E2F1 可激活 CRC 細胞中 MNX1-AS1 的過表達，而 MNX1-AS1 通過海綿吸附 miR-218-5p 增加 SEC61A1 的表達，從而促進 CRC 發(fā)生。此外，MNX1-AS1 高表達組 CRC 患者的預后明顯差于 MNX1-AS1 低表達組，顯示了 MNX1-AS1 對 CRC 的預后具有一定的參考意義。越來越多的證據也表明 MNX1-AS1 過表達存在于多種癌癥中，包括膠質母細胞瘤、宮頸癌、胃癌、卵巢癌和乳腺癌。同時有研究發(fā)現，MNX1-AS1 水平的升高預示著 GC 患者的不良預后，MNX1-AS1 對 GC 具有促進作用。然而，在 GC 中，MNX1-AS1 失調背后的多種機制在很大程度上仍是未知的。本研究旨在全面探討 MNX1-AS1 介導的 GC 進展機制模型。
生信分析
BTG2 是 GC 中 MNX1-AS1 的關鍵下游目標。a. 對照組與 si MNX1-AS1 組 RNA 轉錄序列的散點圖。b. 分級聚類基因轉錄在 SGC7901 細胞中 MNX1-AS1 敲除后發(fā)生改變（倍數變化大于 1.5)。c. GO 分析 MNX1-AS1 基因敲除后的所有突變基因。我們使用 qRT-PCR 檢測來選擇性地檢測參與 GC 進展的幾個基因的改變。在 MNX1-AS1 敲除的 GC 細胞中，e. BTG2 在 mRNA 和蛋白水平上都有明顯的表達
BCL2 是 miR-6785-5p 的靶點，被 MNX1-AS1 缺失所抑制。a. 使用 qRT-PCR 檢測轉染了 miR-6785-5p mimic 或 miR-6785-5p 抑制劑的 GC 細胞中的 miR-6785-5p，并與對照組比較。b. 采用 MTT 法研究 miR-6785-5p 表達改變對 GC 中細胞活力的影響。c. SGC7901 和 MGC803 細胞進行細胞凋亡染色分析。隨著 MNX1-AS 基因的下調，BCL2 在 GC 細胞中的表達水平明顯降低。e. qRT-PCR 檢測 miR-6785-5p 調節(jié)異常對 SGC7901 和 MGC803 細胞 BCL2 表達的影響。f. 推測 miR-6785-5p 在 WT 和 BCL2 的 Mut 3’UTR 中的靶向位點的預測結果。MiR-6785-5p 可以與 BCL2 mRNA 的 3'UTR 中的預測位點結合。g. Western blot 檢測結果顯示，miR-6785-5p 過表達可損害 MNX1-AS1 過表達介導的 BCL2 上調，而抑制 miR-6785-5p 可降低 MNX1-AS1 敲低誘導的 BCL2 下調
研究結果：
該模型描述了 lncRNA MNX1-AS1 促進胃癌發(fā)生發(fā)展的分子機制。
